当企业完成一阶段的审核之后会在几天之后迎来二阶段的审核，二阶段的审核会让企业把在一阶段时候遇到的问题进行整改。因为二阶段出现的问题整改完成后就到了出证的环节，需要企业把所有需要做的部分都完成。

在二阶段主要做的就是不符合项的整改，作为ISO认证过程中的关键环节，没有整改完成，审核组长是不给推荐注册的。对于企业来说这也是最后需要完成的部分，在提供相应的证据和补充相对应的证据链后，二阶段应该也就完成了。审核组会以收集到的证据为依托，出具审核的结论，一般会出现不符合项目，这些项目的本身是没有太大问题的，但需要企业完成整改。如果企业的不符合项目严重影响取证，会被定义为严重不符合，严重不符合需要立即整改，也需要企业进行配合！需要注意的是不符合项目的整改是需要时间的，一般是三个月内需要完成整改，不然会不予推荐认证！